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Cet article d'Alexandre Hassanin est republié ici avec l'autorisation de La conversation . Ce contenu est partagé ici car le sujet peut intéresser les lecteurs de Snopes, il ne représente cependant pas le travail des vérificateurs de faits ou des éditeurs de Snopes.
En l'espace de quelques semaines, nous avons tous beaucoup appris sur le COVID-19 et le virus qui le cause: le SRAS-CoV-2. Mais il y a aussi eu beaucoup de rumeurs. Et alors que le nombre d'articles scientifiques sur ce virus augmente, il existe encore de nombreuses zones d'ombre quant à ses origines.
Dans quelle espèce animale cela s'est-il produit? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage? D'où est ce que ça vient? D'une grotte ou d'une forêt dans la province chinoise du Hubei, ou ailleurs?
En décembre 2019, 27 des 41 premières personnes hospitalisées (66%) sont passées par un marché situé au cœur de la ville de Wuhan dans la province du Hubei. Mais, selon un étude menée à l'hôpital de Wuhan , le tout premier cas humain identifié n'a pas fréquenté ce marché. Au lieu, une estimation de datation moléculaire basée sur les séquences génomiques du SRAS-CoV-2 indique une origine en novembre. Cela soulève des questions sur le lien entre cette épidémie de COVID-19 et la faune.
Données génomiques
le Génome du SRAS-CoV-2 a été rapidement séquencée par des chercheurs chinois. C'est un ARN molécule d'environ 30000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l'enveloppe virale (à titre de comparaison, notre génome se présente sous la forme d'une double hélice d'ADN d'environ 3 milliards de bases de taille et contient environ 30 000 gènes).
Comparatif analyses génomiques ont montré que le SRAS-CoV-2 appartient au groupe des Bétacoronavirus et qu'il est très proche de SRAS-CoV , responsable d'une épidémie de pneumonie aiguë qui est apparue en novembre 2002 dans la province chinoise du Guangdong puis s'est étendue à 29 pays en 2003. Au total, 8 098 cas ont été enregistrés, dont 774 décès. On sait que les chauves-souris du genre Rhinolophus (potentiellement plusieurs espèces de grottes) étaient les réservoir de ce virus et qu'un petit carnivore, la civette des palmiers ( Paguma larvata ), peut avoir servi de Hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.
Depuis, de nombreux Bétacoronavirus ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l'homme. Par exemple, RaTG13, isolé d'une chauve-souris de l'espèce Liés aux rhinolophidés collecté dans la province chinoise du Yunan, a récemment été décrit comme très similaire au SRAS-CoV-2, avec séquences génomiques identiques à 96% . Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre Rhinolophus , constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.
Une, Liés aux rhinolophidés .
Alexandre Hassanin,Auteur fourni
Mais comment définissez-vous un réservoir? Un réservoir est une ou plusieurs espèces animales peu ou pas sensibles au virus, qui vont naturellement héberger un ou plusieurs virus. L'absence de symptômes de la maladie s'explique par l'efficacité de leur système immunitaire, qui leur permet de lutter contre une prolifération virale trop importante.
Mécanisme de recombinaison
Le 7 février 2020, nous avons appris qu'un virus encore plus proche du SRAS-CoV-2 avait été découvert chez le pangolin. Avec 99% de concordance génomique signalée , cela suggère un réservoir plus probable que les chauves-souris. Cependant, un étude récente en cours d'examen montre que le génome du coronavirus isolé du pangolin malais ( Manis javanica ) est moins similaire au SRAS-Cov-2, avec seulement 90% de concordance génomique. Cela indiquerait que le virus isolé dans le pangolin n'est pas responsable de l'épidémie de COVID-19 qui sévit actuellement.
Cependant, le coronavirus isolé du pangolin est similaire à 99% dans une région spécifique de la protéine S, ce qui correspond aux 74 acides aminés impliqués dans le domaine de liaison au récepteur ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2), celui qui permet au virus d'entrer cellules humaines pour les infecter. En revanche, le virus RaTG13 isolé de chauve-souris R. lié est très divergente dans cette région spécifique (seulement 77% de similitude). Cela signifie que le coronavirus isolé du pangolin est capable de pénétrer dans les cellules humaines alors que celui isolé de la chauve-souris R. lié n'est pas.
De plus, ces comparaisons génomiques suggèrent que le virus SARS-Cov-2 est le résultat d'une recombinaison entre deux virus différents, l'un proche de RaTG13 et l'autre plus proche du virus du pangolin. En d'autres termes, c'est une chimère entre deux virus préexistants.
Un coronavirus du pangolin pourrait être l'une des sources du COVID-19.
Alliance de la faune / Flickr , CC BY
Ce mécanisme de recombinaison avait déjà décrit dans les coronavirus, notamment pour expliquer l'origine du SRAS-CoV. Il est important de savoir que la recombinaison aboutit à un nouveau virus potentiellement capable d'infecter une nouvelle espèce hôte. Pour que la recombinaison se produise, les deux virus divergents doivent avoir infecté le même organisme simultanément.
Deux questions restent sans réponse: dans quel organisme cette recombinaison s'est-elle produite? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce?) Et surtout, dans quelles conditions cette recombinaison a-t-elle eu lieu? 
Alexandre Hassanin , Maître de Conférences (HDR) à Sorbonne Université, ISYEB – Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Muséum national d’histoire naturelle (MNHN)
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